Construcción de Grafos de Conocimiento para Acelerar Consultas de Información Genómica
DOI:
https://doi.org/10.47187/perspectivas.8.1.250Palabras clave:
Información genómica, Grafos de conocimiento, Lenguaje de consultas SPARQL, BioinformáticaResumen
El presente artículo ofrece una visión general de los principales formatos utilizados para almacenar información genómica, así como del proceso para construir grafos de conocimiento a partir de dichos datos. La información extraída de datos del repositorio del National Center for Biotechnology Information es procesada y estructurada en forma de grafos de conocimiento, lo que permite realizar consultas complejas mediante el lenguaje SPARQL. Representar la información genómica en un formato adecuado para la consulta semántica y la inferencia facilita la identificación de relaciones complejas entre genes, proteínas y metabolitos. Esto, a su vez, respalda el descubrimiento de nuevos compuestos bioactivos y promueve avances en campos como la medicina y la biotecnología. Finalmente, se demuestra cómo es posible aplicar consultas simples y compuestas en SPARQL para recuperar relaciones explícitas e inferidas entre las tríadas que conforman los grafos de conocimiento, mejorando así la profundidad y eficiencia del análisis genómico.
Referencias
[1] C. Notredame y J.-M. Claverie, Bioinformatics for dummies (Second Edition). Wiley Publishing, Inc., 2007.
[2] S. F. Altschul et al., "Basic local alignment search tool," J Mol Biol, vol. 215, n.º 3, pp. 403-410, 1990, doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2.
[3] A. Hogan et al., "Knowledge Graphs," ACM Comput. Surv., vol. 54, n.º 4, Art. 71, may. 2022, doi: 10.1145/3447772. DOI: https://doi.org/10.1145/3447772
[4] B. J. Stear et al., "Petagraph: A large-scale unifying knowledge graph framework for integrating biomolecular and biomedical data," Scientific Data, vol. 11, n.º 1, 2024, doi: 10.1038/s41597-024-04070-w. DOI: https://doi.org/10.1038/s41597-024-04070-w
[5] World Wide Web Consortium (W3C), "SPARQL 1.1 Query Language." [En línea]. Disponible en: https://www.w3.org/RF/sparql11-query/ (accedido el 9 de febrero de 2025).
[6] X. Chen, S. Jia y Y. Xiang, "A review: Knowledge reasoning over knowledge graph," Expert Systems with Applications, vol. 141, 2020, Art. 112948, doi: 10.1016/j.eswa.2019.112948. DOI: https://doi.org/10.1016/j.eswa.2019.112948
[7] F. Feng et al., "GenomicKB: a knowledge graph for the human genome," Nucleic Acids Research, vol. 51, n.º D1, pp. D950–D956, 6 de enero de 2023, doi: 10.1093/nar/gkac957. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkac957
[8] S. Prasanna, D. Rao, E.J. Simões y P. Rao, "Scalable Knowledge Graph Construction and Inference on Human Genome Variants," ArXiv, abs/2312.04423, 2023.
[9] E. Cavalleri et al., "An ontology-based knowledge graph for representing interactions involving RNA molecules," Scientific Data, vol. 11, 2023. DOI: https://doi.org/10.1038/s41597-024-03673-7
[10] J. Bolleman et al., "A large collection of bioinformatics question-query pairs over federated knowledge graphs: methodology and applications," 1990, doi: https://doi.org/https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2. DOI: https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2
[11] R. Osuna González, G. De Ita Luna, R. M. Valdovinos Rosas y Y. Pedraza-Pérez, “Burkholderia Genomic RDF Graph”, Mendeley Data, V6, 2025, doi: 10.17632/pt6xn9mgdf.6.
Publicado
Número
Sección
Licencia
Derechos de autor 2026 Reynold Osuna González, Guillermo De Ita Luna
Esta obra está bajo una licencia internacional Creative Commons Atribución 4.0.
Derechos de Autor
Los autores de trabajos escritos retendrán sus derechos de autor sobre sus artículos publicados en la Revista Pespectivas. Estos derechos les permite sobre dichos trabajos: presentarlos en público, preparar trabajos derivados, reproducirlo físicamente a través de impresión y distribuirlo en sus redes sociales o de investigación. Estos derechos se mantendrán inalterables siempre y cuando los autores respecten la política de publicación y de acceso libre que maneja la Revista Perspectivas.
Derechos de Publicación
La Revista Perspectivas se reserva todos los derechos de primera publicación sobre cada uno de los artículos que los autores hayan enviado a su proceso de revisión y publicación. Esto implica que los autores solo podrán ejercer sus derechos de autor si, al momento de distribuir, compartir, presentar o usar el contenido total o parcial de sus artículos, indican adecuadamente la fuente y origen de dicha publicación.
